羊肚菌的菌种性能与其它食用菌不同，菌种分离方法和育种手段及栽培管理技术与其它食用菌也有很大差异。最大的缺点就是容易退化、变异、生霉。这对栽培羊肚菌带来很大困难。对此，首先要控制菌种传代，无论母种、原种、栽培种，若违反技术要求，多传一代就会出现上述不良反应或不长子实体。母种只能经过原种栽培种，到栽培中的一次流程和3次破菌愈合才能保住质量；若超过3次菌丝断裂而重新萌发的新菌丝，会失去或降低酶的分解作用，以致抗病力差，易生杂菌，不出菇。
 

　　母种的制作

　　1、培养基配方

　　①、黄豆芽500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，羊肚菌基脚～50克，水1升。
　　②、黄豆芽500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，水1升。
　　③、栎木屑500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，水1升。
　　④、马铃薯200克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，蛋白胨0.5克，牛肉膏0.5克，水1升。
　　⑤、蛋白胨1克，葡萄糖20克，琼脂20克，酵母膏1克，磷酸二氢钾1克，硫酸镁1克，维生素B1，1克，水1升。pH值自然。

　　上述配方任选一组。将木屑或豆芽加水1升煮30分钟，过滤取汁，并将余下的水补足1升，加入其它原料，煮至溶化后，按母种制作常规方法，分装于18毫米×180毫米或20毫米×200毫米试管的1/5，塞上棉塞，使用高压灭菌锅彻底灭菌；在0.68千克压力下维持60分钟，自然冷却至指针回到原位才可打开，放成斜面备用。

　　2、菌种分离

　　首先要具有食用菌专业基础知识、多年的菌种分离经验及菌丝鉴别能力，其次要购置母种培养基、无菌接种箱、恒温培养箱、冰箱、高倍显微镜等必要设备。根据当地羊肚菌生长季节，趁羊肚菌生长旺盛时做菌种分离工作。

　　①、分离方法

　　羊肚菌的分离方法与其它食用菌大不相同。它需要一种助生菌与羊肚菌菌丝共生时才能出菇。这种助生菌长期活动在土壤中，有时以芽孢菌形式出现，有时以菌丝形式出现。它为羊肚菌的原基形成和子实体生长发育起着至关重要的作用。因此，从土壤中分离该菌比其它任何方式分离要好些。但从土壤分离难度太大，成功率不到万分之一，并且难以分辨，所以只有采取羊肚菌基脚土分离，才能真正找到羊肚菌的出菇菌丝。初学者可在四川绵阳市食用菌研究所购买培养好的羊肚菌优良母种，并参加现场培训。

　　②、操作过程

　　在羊肚菌生长的周围，可见白色菌丝充满土壤。从土壤中挑选这种菌丝容易成功。现介绍两种土壤分离的简易方法：一种是土壤直接分离，另一种是浸提分离。土壤直接分离法：在羊肚菌生长的地方去掉羊肚菌，取周围5厘米以内的土壤，去掉表层，把土壤放入无菌接种箱内，然后放入试管培养基，进行接种箱空间消毒。即按接种箱每立方米空间用甲醛10毫升，高锰酸钾5克，混合产生气体消毒，半小时后才可操作。将基脚土用接种针挑取黄豆大小一块，迅速放到试管内的空白培养基上，每管放一块，塞上棉塞，接种后取出培养。浸提分离法：将基脚土用无菌水稀释，澄清后用接种针蘸取少量溶液，滴到试管内的空白培养基上，塞上棉塞后取出培养。

　　分离后，放在12～18℃温度下培养观察。3天后培养基上萌发菌丝，每天仔细检查每支试管的发菌及变化情况。区分和认识各类杂菌是最关键的核心技术。真正的羊肚菌菌丝最初为灰白色，生长很快，时间长会变成棕黄色，有时会出现菌核，母种7天长满试管，原种、栽培种15天可长满瓶底。是否分离成功，必须做栽培出菇试验，待出菇后才能准确认定是否羊肚菌的菌种。一旦菌种分离成功，在以后的转接过程中要小心，不能再让杂菌感染，必须把好高温灭菌关和接种消毒关，才能保证菌种质量和成活率。

　　3、转接提纯

　　待培养基表面余水干后才能使用，否则会被细菌感染。接种要求在接种箱内通过药物灭菌进行，将第一代纯母种挑取黄豆大一块带菌丝的培养基，放入空白培养基上，每支母种可接10～15支，母种只能扩种一次，不能多接或多扩，否则会影响子实体生长。

　　4、培养

　　接种后放在18～22℃温度下避光培养，2～3天菌丝萌发，7天可长满斜面培养基。如不使用则放入冰箱在0～3℃温度下保存，时间最长不超过半年。